《御赐小仵作》楚楚和萧瑾瑜是剧中的主角CP，是事业上的合作伙伴，他们的身世也因为18年前的甘露之变有着千丝万缕的关系。

 

当年萧瑾瑜的父亲，身为六扇门神探萧恒奉命前往西南平乱，去了后发现原来陈樱等人是被人诬陷，后来二人成为好友，因为信息不发达，萧恒无法把实情告诉皇帝，皇帝看萧恒这么久没回来，于是又派秦栾前往，结果这秦栾和诬陷的人互相勾结，他们假传圣旨要除掉萧恒等人，陈樱为了保护萧恒牺牲了，萧恒也在此次事件后下落不明。

 

陈樱的夫人许氏怀有身孕，她因为动乱跑到许家避难，许家怕受到牵连，就害死了许氏，在请来仵作帮忙处理尸体时，仵作发现许氏怀着孩子，就帮她剖腹，发现孩子竟然是活的，仵作就偷偷的收养了孩子，这个孩子就是楚楚。

 

后来楚楚长大，有一个巫医大叔来教楚楚本领，这个巫医大叔就是隐姓埋名的萧恒。

 

而萧恒的妻子西平公主在当时也怀有身孕，她知道丈夫遇害的事并不简单，于是为了保护肚中孩子，就又抱来一个差不多大的孩子一同抚养，对外谎称是生了双生子，而公主后来生下的真正的孩子就是萧瑾瑜。

 

后来随着楚楚和萧瑾瑜的深入合作，一个又一个的案件随之揭开谜团，并破解了当年甘露之变的真相，为驸马萧恒，和陈樱等人沉冤得雪，皇帝赐婚二人，婚后两人离开了朝堂，过起了隐居生活。