林肯的父亲以前在那个神秘公司工作。公司掌握和控制着全美的各种重要情报、法案以及交通、能源等等。公司的有些行为是不合法的，因此林肯的父亲从公司带领了一部分人逃离出来，并带走了一些重要文件。公司想逼林肯的父亲现身，便陷害林肯。林肯和迈克中，只有林肯因陷于高利贷而又可能铤而走险，因此公司选中了他。刚好他与副总统的弟弟之前有一些过节，因此说林肯杀了他也毫不为过。至于为什么选副总统的弟弟做“被害人”，一方面也许是因为他本来就树敌太多（维罗尼卡拜访他的妻子时，她说的），所以干脆来个假死对他是有利的（至少副总统是这么想的）；另一方面，美国一般不执行死刑的，只有被害人是副总统的弟弟，是个十分重要的人，才有可能激起民愤，让人民做主判林肯死刑。

 

副总统与公司是联盟，受到公司的支持与操纵，公司希望她竞选总统，这样公司能更好的控制美国。

 

而竞选总统需要经费，他们想到的得到经费的方法是：让副总统的弟弟开家空壳子企业，对社会谎称掌握了清洁能源的开发技术，来骗取了大量投资，之后让弟弟假死，副总统作为姐姐继承其遗产，即此企业的资金。

 

所以他们伪造了副总统弟弟的遇害，这需要一个“凶手”，于是阴差阳错地，林肯被选中了。

 

后来，迈克尔和维罗妮卡一内一外去救林肯，这使副总统的计划节外生枝——如果林肯被证明是无辜的，那她和公司的阴谋有败露的危险，林肯死得越早他们就越安全。

越狱第五季在2017年4月5日开播：